Der Lac des Joncs wurde 2001 als Objekt Nr. FR 201 ins Inventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung aufgenommen (siehe Seite 14,  Verordnung zum Schutz der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung). Der über 5000 Jahre alte, 22 Meter tiefe Bergsee, auf 1235 m.ü.M. auf dem Gemeindegebiet von Châtel Saint-Denis/FR gelegen, ist im Besitz von François Genoud, Geschäftsführer der Auberge du Lac des Joncs.

Die Bedeutung des Sees liegt unter anderem beim Vorkommen der sehr seltenen "Nuphar pumila" (Kleine Teichrose; auf der Roten Liste in der Kategorie EN). Diese reizende Seerose war früher noch in vielen Seen der Voralpen anzutreffen, heute kommt sie nur noch an drei Standorten vor, nebst dem Lac des Jonc noch im Kämmoosteich (ZH) und im Gräppelensee (SG). Ihr Verschwinden ist vorwiegend auf den Boots- und Badebetrieb auf den Seen zurückzuführen, sowie auf die "Eutrophierung" (Überdüngung) und Verschmutzung der Gewässer.

Im Lac des Jonc überlebt die Seerose dank einer aufwändigen Rettungsaktion des Botanischen Gartens der Universität Freiburg, indem unter der wissenschaftlichen Leitung von Dr. Gregor Kozlowski während zwei Jahren Kolonien von etwa 20 Exemplaren "ex situ", das heisst ausserhalb ihrer natürlichen Umgebung, herangezüchtet und in den Jahren 2002 und 2003 im See wieder angepflanzt wurden.

(Im Januar 2003 kam es im Lac des Joncs zu einem tödlichen Tauchunfall, als ein Hobbytaucher durch ein Eisloch in das trübe Wasser stieg, und sich kurz darauf ein 2 Meter langes Sicherungsseil löste. Sein jüngerer Kollege, der an Land geblieben war, suchte vergeblich nach dem Abgetauchten. Was dieser mitten im Winter in dem geschützten See suchte, blieb unklar.)